Является ли вся сумма, полученная от продажи электронного контента, доходом его автора-физлица, с которой ему необходимо выплатить НДФЛ?

Да, Вам кроме уплаты за комиссию агенты необходимо оплатить налог с общей сумму полученного дохода в размере 13% путем подачи декларации 3-НДФЛ.
В РФ надо платить налоги со всех получаемых доходов.

Так как агентский договор заключен, скорее всего, с вами как с физическим лицом, а не ИП, то вы не можете вычесть из налогооблагаемой базы агентское вознаграждение, выплачиваемое посреднику. Вследствие этого весь реально полученный доход от продажи является налогооблагаемой базой по НДФЛ. Но в договоре можно прописать, что агент вычитает из перечисляемой вам сумму сумму своего агентского вознаграждения и тогда НДФЛ должен платиться из фактически полученной суммы.

Всё зависит от условий договора с сайтом.
Если он оформлен юрлицом или ИП.
Кроме того, на сайт возложена обязанность налогового агента.
А не только как посредника.
Также не понятно, у Вас есть ИП или нет.
Обычно агенты сами исчисляют налоги.
И применяют стандартные вычеты, если платят физлицу.
Поскольку стандартные налоговые вычеты предоставляются налогоплательщику одним из налоговых агентов, являющихся источником выплаты дохода, по выбору налогоплательщика на основании его письменного заявления и документов, подтверждающих право на такие налоговые вычеты.
Здесь вопрос неполный: не всё указано, что влияет на ответ.
Т. е. требуется поиск грамотного юриста для получения нормальной консультации.

Да, должны платить со всех доходов.