Правомерно ли требует межведомственная комиссия протокол собрания

Совершенно обосновано. В соответствии с ч.1 ст.44 ЖК РФ общее собрание собственников помещений в многоквартирном доме является органом управления многоквартирным домом; частью 2 ст.44 ЖК РФ определена компетенция общего собрания собственников помещений в многоквартирном доме:
1) принятие решений о реконструкции многоквартирного дома (в том числе с его расширением или надстройкой), строительстве хозяйственных построек и других зданий, строений, сооружений, капитальном ремонте общего имущества в многоквартирном доме, об использовании фонда капитального ремонта, о переустройстве и (или) перепланировке помещения, входящего в состав общего имущества в многоквартирном доме.