Возможно ли ввести положение о коммерческой Тайне в автономной некоммерческой организации?

Конечно, как утверждённый Локально нормативный акт (ЛНА) Вашего предприятия, Ваш внутренний закон.

Да, такое положение Вы можете ввести себя в соответствии с Уставом.

Да, можно. Закон это не запрещает.

Да, это можно сделать.
Закон об НКО позволяет АНО заниматься коммерцией.
Некоммерческая организация может осуществлять предпринимательскую и иную приносящую доход деятельность лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых она создана и соответствует указанным целям, при условии, что такая деятельность указана в его учредительных документах. Такой деятельностью признаются приносящее прибыль производство товаров и услуг, отвечающих целям создания некоммерческой организации, а также приобретение и реализация ценных бумаг, имущественных и неимущественных прав, участие в хозяйственных обществах и участие в товариществах на вере в качестве вкладчика.
Только нужно нанять грамотного юриста.
Чтобы местное отделение Минюста России не придралось к деятельности АНО.
Поскольку это вопрос непростой.
Закон о коммерческой тайне содержит требования к сведениям, которые не могут составлять коммерческую тайну.
Если АНО ошибётся с положением, возможны проблемы вплоть до ликвидации.
Некоммерческая организация может быть ликвидирована на основании и в порядке, которые предусмотрены Гражданским кодексом Российской Федерации, федеральным законом об НКО и другими федеральными законами.