договор на аренду квартиры между физлицами имеет юридическую силу

Безусловно, за исключением установленных ограничений. Ограничения могут быть установлены законом или договором.

Свобода договора п.1 ст.421 ГК РФ Стороны могут заключить договор, как предусмотренный, так и не предусмотренный законом или иными правовыми актами....