Проблема с оплатой выполненных работ

Здравствуйте! Как заказчики мы заключили контракт, прописав в нем НДС. Подрядчик согласился контракт подписал. В дальнейшем выяснилось, что в смете прописан УСНО, хотя подтверждающих документов от подрядчика, что он работает по УСНО не поступило, при проведении аукциона он не предъявил протокол разногласий, где было бы предложено нам исключить из контракта строку "В том числе НДС". Контракт подписан, мы должны оплатить работы, но проблема заключается в том, что в контракте прописан НДС, в смете прописан УСНО. Как правильно оформить платежное поручение? с НДС или без него?