Здравствуйте! Имеется доля в двухкомнатной квартире. В квартире 3 собственника. ..

Да, вы можете продать свою долю в квартире с долгом, но с соблюдением норм ст. 250 ГК РФ.
Необходимо уведомить всех сособственников квартиры и только после этого можете продать долю третьим лицам по ДКП (ст. 549 ГК РФ).